Aunque según el sistema de clasificación puede encontrarse incluida en la familia Alliaceae e, incluso, Liliaceae.
En las clasificaciones tradicionales de las angiospermas, Agapanthus se disponía dentro de una amplia circunscripción de las liliáceas y actualmente algunos botánicos continúan tratándolo de ese modo.
No obstante, los análisis filogenéticos basados en el ADN y varios caracteres morfológicos indican que esta familia está separada no solo de la circunscripción actual de las liliáceas, sino también de otras dos familias estrechamente relacionadas: las aliáceas y las amarilidáceas. Por esa razón, fue reconocida por sistemas de clasificación modernos, tales como el sistema de clasificación APG II del 2003,2 como una familia separada o como una subfamilia dentro de Alliaceae sensu lato. En la publicación de 2009, el sistema APG III reconfirmó el criterio de considerar las agapantáceas como una subfamilia, Agapanthoideae, dentro de la familia de las amarilidáceas.
